物語が始まる7年前、将軍家による帝国制復興を目指す帝国軍と、それを阻止すべく民主勢力からなる共和軍との間で戦争が勃発。
国を二分する戦いとなった。
3年後、国内は荒廃し、帝国府は忍空隊と呼ばれるわずか数十名の隊員で構成される部隊によって壊滅寸前にまで追い込まれていた。
しかし、忍空隊を率いていた麗朱は突然忍空隊の解散を命令し、そのまま姿を消してしまう。
帝国府はかろうじて大戦に勝利するも、戦後、忍空の力を恐れて討伐に乗り出す。
元忍空隊の風助は幼い時に連れ去られた母親を探すため旅に出て、様々な境遇の人々と出逢う。